La possibilité de faire tourner Linux sur n'importe quelle machine Alpha est généralement limitée par votre possibilité d'obtenir des informations sur les détails sanglants de ses arcanes. Puisque des portages de Linux existent pour les cartes mères EB66, EB64+ et EB164, tous les systèmes basés sur les 21066, 21064/APECS et 21164/ALCOR devraient pouvoir faire tourner Linux avec très peu voire aucune modification. La principale différence entre toutes ces cartes mères est la façon dont elles diffusent les interruptions. Il y a trois sources d'interruptions :
Tous les systèmes utilisent un système de pontage d'entrées/sorties (SIO) Intel en tant que pontage entre les bus PCI et ISA (le bus principal est PCI, le bus ISA est un bus secondaire utilisé pour supporter les périphériques anciens ou basse vitesse). Le SIO contient la traditionnelle paire de 8259 chaînés.
Certains systèmes (par exemple le NoName) diffusent leurs interruptions via le SIO vers le processeur. Certains systèmes ont un contrôleur d'interruptions séparé et diffusent toutes les interruptions PCI plus l'interruption SIO (sortie du 8259) via ce contrôleur, et toutes les interruptions ISA via le SIO.
Les autres différences entre ces systèmes comprennent :